重磅丨譜尼生物醫(yī)藥聯(lián)合中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所推出人工智能靶標(biāo)預(yù)測(cè)及虛擬篩選項(xiàng)目

譜尼生物醫(yī)藥與中國(guó)科學(xué)院上海藥物所有著廣泛的合作，近日，譜尼生物醫(yī)藥聯(lián)合中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所共同推出d3carp靶標(biāo)預(yù)測(cè)及虛擬篩選項(xiàng)目。藥物篩選中人工智能技術(shù)的引入，可較大提高整個(gè)藥物研發(fā)流程的運(yùn)行效率，協(xié)助藥企開發(fā)更高質(zhì)量的藥物，進(jìn)一步增強(qiáng)藥企的產(chǎn)業(yè)競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。 圖片 項(xiàng)目介紹 圖片 靶標(biāo)預(yù)測(cè)： 針對(duì)某個(gè)小分子化合物，采用分子對(duì)接方法、配體相似性搜索方法和深度學(xué)習(xí)模型共三種方法進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測(cè)，其中分子對(duì)接方法包含9352個(gè)對(duì)接模型、配體相似性搜索包含3836個(gè)靶標(biāo)、深度學(xué)習(xí)模型包含5901個(gè)靶標(biāo)。根據(jù)要求，可分別報(bào)告前100個(gè)較可能的預(yù)測(cè)靶標(biāo)或排名前1%的較可能預(yù)測(cè)靶標(biāo)，并提供分子對(duì)接獲得的較優(yōu)結(jié)合構(gòu)象及陽(yáng)性化合物的結(jié)合模式。 虛擬篩選： 根據(jù)用戶提供的小分子化合物結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和目標(biāo)靶標(biāo)信息，可遴選d3carp平臺(tái)中分子對(duì)接方法、配體相似性搜索方法或深度學(xué)習(xí)模型方法，開展虛擬篩選，報(bào)告虛擬篩選結(jié)果并提供分子對(duì)接預(yù)測(cè)的復(fù)合物結(jié)構(gòu)信息及陽(yáng)性化合物的結(jié)合模式。 技術(shù)背景 圖片 靶標(biāo)預(yù)測(cè)與虛擬篩選將采用中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所整合了基于物理和數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的計(jì)算方法，構(gòu)建的綜合性靶標(biāo)預(yù)測(cè)與虛擬篩選平臺(tái)d3carp。平臺(tái)可以用于預(yù)測(cè)化合物的潛在作用靶標(biāo)，以及針對(duì)給定靶標(biāo)虛擬篩選活性化合物，相關(guān)成果發(fā)表在computers in biology and medicine雜志上。 圖片 研究人員基于d3carp中收集的近百萬個(gè)活性化合物和5901種潛在靶標(biāo)信息，分別構(gòu)建了二維/三維配體相似性搜索和深度學(xué)習(xí)模型。考慮到蛋白質(zhì)口袋的柔性和誘導(dǎo)契合效應(yīng)，研究人員針對(duì)1970種靶標(biāo)構(gòu)建了9352個(gè)分子對(duì)接模型，平均每個(gè)靶標(biāo)有5個(gè)構(gòu)象。d3carp平臺(tái)支持多種計(jì)算方法進(jìn)行dtis預(yù)測(cè)，各計(jì)算模塊提供了相應(yīng)陽(yáng)性化合物作為參考，并對(duì)靶標(biāo)注釋了疾病信息，以支持用戶選擇特定疾病相關(guān)靶標(biāo)開展進(jìn)一步的dtis研究。 根據(jù)類藥五規(guī)則，d3carp配體庫(kù)中有62.6%的化合物具有可成藥性。并且配體庫(kù)較好地覆蓋了上市、臨床在研和實(shí)驗(yàn)階段藥物的化學(xué)空間，包括物理化學(xué)性質(zhì)、分子結(jié)構(gòu)類型以及3d分子形狀。在d3carp靶標(biāo)和疾病庫(kù)中，有1447種靶標(biāo)為**靶標(biāo)，關(guān)聯(lián)了2168種疾病類型。 圖片 d3carp中化合物的物理化學(xué)性質(zhì)和結(jié)構(gòu)分布。（a-f）mw、tpsa、logp、hba、hbd和nrotb分布；（g-i）d3carp和drugbank的pca化學(xué)空間、t-sne化學(xué)空間和pmi形狀多樣性分布。 關(guān)于譜尼生物醫(yī)藥 圖片 譜尼生物醫(yī)藥致力于成為**藥物開發(fā)一站式服務(wù)平臺(tái)，打造集藥物設(shè)計(jì)、藥物合成、工藝開發(fā)、藥物生產(chǎn)、藥物活性篩選、制劑研究、藥效學(xué)研究、藥代動(dòng)力學(xué)研究、毒理學(xué)研究以及新藥注冊(cè)為一體的綜合技術(shù)平臺(tái)，為醫(yī)藥研發(fā)、生產(chǎn)及檢測(cè)提供專業(yè)優(yōu)質(zhì)的一站式服務(wù)。 實(shí)驗(yàn)室研發(fā)團(tuán)隊(duì)核心人員擁有**過20余年國(guó)際大型藥企、cro研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，多次參與制定毒理學(xué)領(lǐng)域國(guó)家和行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)以及cnas和新藥評(píng)審及指導(dǎo)原則，在多手性中心藥物合成、多步驟藥物合成、緩控釋制劑技術(shù)、脂質(zhì)體技術(shù)、納米制劑技術(shù)、低限度物質(zhì)檢測(cè)、未知物質(zhì)檢測(cè)、藥效藥代和臨床前毒理安全性評(píng)價(jià)等領(lǐng)域積累了豐富的研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化經(jīng)驗(yàn)。 上海生物醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室具備cma、cnas資質(zhì)，嚴(yán)格按照gmp、glp要求執(zhí)行，并得到了國(guó)內(nèi)和國(guó)際藥品管理部門的認(rèn)可。其生物醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)室設(shè)施面積達(dá)38000㎡，達(dá)到生物二級(jí)建設(shè)要求，建立了符合國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)的安全評(píng)價(jià)研究體系。 圖片
專注于等