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洗脫和收集分析物(另一種情況是保留雜質而分析物通過柱子)
在反相萃取柱上，清潔溶劑為含有農業生產系統適當濃度的溶劑的水或緩沖液；
為確定清洗溶劑的濃度和體積，將試樣加到 spe柱上，用5~10倍 spe柱體積的溶劑進行清洗，對流出液進行連續分析，得到清洗溶劑對分析物的洗脫曲線。按順序*清洗溶劑強度，根據分析物在不同強度下的洗脫曲線，確定合適的清洗溶劑強度和體積；
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洗脫和收集目的：將分析物全部洗脫并以小體積級分方式收集分析物，同時在 spe柱上盡可能保留比分離物保留力更強的雜質；
收集的分析物級分可被氮氣吹干，然后溶解在小體積溶劑中，以提高分析物的濃度，或調整溶劑性質以作后期分析。
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當發現回收率下降時，prs固相萃取柱選擇，收集該組分，prs固相萃取柱類型，并檢測目標化合物是否在這一階段被洗脫。若經調整 ph使可離子化的目標化合物中性化，并通過疏水力被 spe柱吸附，則洗滌時應注意保持 ph不變，以免因 ph變化而導致目標化合物在洗滌過程中丟失。
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正壓法通常是將帶一定壓力的空氣或氮氣從 spe柱上吹走填料中的水；負壓法則是將一定真空度從萃柱下吹走殘余的水。
單獨樣品處理，可使用一個通過適配器連接到 spe柱，推動樣品或溶劑通過 spe柱管，如需500 mg或1 g的吸附劑柱床，可選用適配器直接與配合。自動 spe作業，由于其優良的結果重復性，已被廣泛使用；96孔板的 spe裝置也是一種理想的自動化方案。該方案適用于樣品量大，開封prs固相萃取柱，需要快速處理的場合。
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洗滌劑和洗脫劑的優選
反相型和正相型洗脫液的洗脫強度應分別增加和降低，但對回收率無明顯影響；
就反相模式而言，可先對目標化合物的水溶液上樣，然后以5%、10%、20%、30%、40%、50%、70%、80%、90%、的甲1醇水溶液進行洗脫，prs固相萃取柱分類，分別收集洗脫液分析，建立淋洗曲線，確定目標化合物被洗脫時的溶劑體系，淋洗液中甲1醇的含量應略低于目標化合物正好被洗脫時的溶劑體系，而洗脫液中甲1醇的含量應略高于目標化合物正好被完全洗脫時的溶劑體系；當純甲1醇無法洗脫目標化合物時，則應測試甲1醇-甲1基叔丁基1醚混合溶液的洗脫曲線；如果離子型化合物既不溶于水也不溶于甲1醇，則可在溶劑體系中添加酸或堿。
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凈水系統
鍵合相位是非*性的，碰到水c18鏈就會被排斥，導致c18 “倒伏”，色譜峰變差，保留變弱，即水相位降，所以大多數c18反相分離柱不能用純水作流動相。一般選用c18-aq反相柱分離親水化合物，走水體系，提高保留值。
防腐鹽
單獨用酸或堿來調節流動相中的 ph值，由于分離成分的多樣性，未必能達到實驗所要求的效果。一般做法是：以緩沖鹽制備流動相。但是有些緩沖鹽會析出不易觀察的微晶：過濾后，改變流動相的組成；不過濾時，晶體會損壞管柱，也容易堵塞管道，污染檢測器。所以，在滿足實驗條件的情況下，盡量選擇不容易析出的緩沖鹽，分離結束后，一定要清洗柱子和整個分離系統，避免出現色譜性霉菌。為便于制備和處理，常選用揮發性鹽類，如銨鹽等。
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