DNA序列分析軟件Sequencher的Next-Generation Sequencing功能

gene codes致力于為您帶來在**評審期刊上開發和發布的各種比對和組裝算法，但讓非工程師也可以使用它們。例如，gsnap（tom wu，genentech，inc.）被認為是正確識別剪接點的算法之一。生物信息學可能會像這樣調用該程序：
如果我們有一些工具來幫助我們了解所有可用的標志和參數是什么以及它們如何影響程序，那么我們大多數人的工作效率都會高。sequencher界面可幫助您選擇選項、設置值并通過說明和工具提示了解可用功能。上面指令行中的相同選項在sequencher中設置如下：
只需幾個步驟即可執行snp分析、甲基化分析或rna a-to-g耐受比對。
在平板電腦中查看您的結果 。
bwa、velvet、maq、gsnap和tablet只是sequencher的開始。如果您要對混合群體進行測序，請將參考引導比對與從頭組裝的力量結合起來。將讀數與參考比對并捕獲未比對的讀數，以進行進一步的基于參考的比對或從頭組裝。
通過添加cufflinks套件，您可以使用我們為所有ngs算法開發的相同風格的界面來執行rna-seq差異表達。
我們還添加了您期望看到的圖表，例如火山圖，因此您*借助指令行即可查看結果。因為我們知道您有自己喜歡的矯正器，所以我們不會堅持您使用我們的。只要您的對齊器創建sam或bam作為其輸出，您就可以使用廣泛認可的rna-seq工具之一來探索您的數據。
fastqc質量控制報告
在開始調整數據之前，請停下來考慮一下。您不想知道您的數據有多好嗎？好吧，現在您可以使用fastq質量報告。我們已將流行的fastqc程序集成到sequencher中。從“序列”>“分析”>“fastq質量報告...”啟動，您可以獲得多達12個不同指標的結果。從“每堿基序列質量”到“kmer內容”，從“序列重復水平”到“過度代表性序列”，結果以易于理解的交通燈系統以及詳細的圖形形式呈現。
每個報告都顯示在自己的窗口中，以便您可以并排查看它們。使用報告在組裝之前監控數據集的單獨質量或隨著時間的推移監控質量。
rna測序
rna-seq實驗為蛋白質編碼轉錄本的研究帶來了新的理解和知識，無論是來自不同時間點的正常組織還是正常與生病狀態之間的轉錄本。sequencher插件家族的新成員是cufflinks套件，一系列專為研究rna-seq ngs數據而設計的程序。入門再簡單不過了。
使用您喜歡的比對器將您的rna-seq ngs數據與參考序列比對，然后獲取生成的sam或bam文件以及參考gtf文件以開始使用 cufflinks。
關鍵是利用cufflinks、cuffmerge、cuffdiff的四步過程進行差異表達，然后將數據顯示為表格和繪圖。cufflinks套件指令行程序都可以使用我們易于使用的圖形界面進行訪問。為了實現控制，您還可以通過簡單的點擊“高等（編輯）”對話框來訪問所有高等指令行功能。
您可以在sequencher中運行分析并以繪圖形式查看結果。通常，差異表達需要您從指令行安裝并使用r統計編程語言。
我們為您提供一個菜單指令，允許您使用火山圖、散點圖和條形圖顯示結果。每個點或條都鏈接到其基礎數據，因此您可以單擊您感興趣的點或條并詳細探索結果。
sequencher中的cufflinks套件現在包括cuffquant和cuffnorm。如果您不處理差異表達基因但仍需要標準化結果，請在 cufflinks步驟后使用cuffquant和cuffnorm。如果您需要減少計算機上的計算負載，可以在cufflinks和cuffmerge步驟之后使用 cuffquant來量化數據集中的讀數。然后，當您準備好時，使用cuffdiff完成差異分析。您會發現這一步要快得多，因為那部分工作已經完成。
通過基因名稱或基因id搜索數據表，快速找到您感興趣的數據。
對數據進行排序和篩選，僅繪制您感興趣的數據，然后以png格式導出圖表以包含在演示文稿或報告中。
de novo組裝
velvet在5.1版中加入了不斷壯大的sequencher插件家族。velvet是一個從頭匯編器，它不需要參考序列。雖然我們談論velvet，但它實際上由兩個程序組成。velveth準備您的數據集，而velvetg使用一種稱為de bruijn圖的方法執行組裝步驟。velvetg構建重疊群，甚至會嘗試搭建那些無法自行組合在一起的重疊群。
velvet可以使用multiplex id數據進行從頭組裝。sequencher自動按條形碼將數據劃分為單獨的文件（箱），然后對齊它們并將結果放入單獨的結果文件夾中。然后可以在平板電腦瀏覽器中查看結果。每個重疊群的共有序列將出現在您的項目窗口中。
velvet被編寫為在指令行上運行。sequencher使您只需單擊幾下即可輕松啟動程序集運行，從而保護您免受指令行的影響。高等用戶和新手仍然可以訪問指令行參數來添加或改參數，我們引入了一個新的gui，讓您也可以訪問和利用這些參數。
參考引導對齊
比對人員花費一部分時間對參考序列進行索引，以加快整體比對速度。現在，您可以創建并保留這些索引 (bwa) 或數據庫 (gsnap)，當您想要嘗試不同的參數以改進對齊或拼接位置時，速度會快。
索引和數據庫文件是跨平臺的，因此您可以與不同類型計算機上的協作者共享它們。當您創建新索引或數據庫時，它將自動出現在該比對器的可用參考序列列表中，可供隨時使用。sequencher會記住它的位置，因此您*記住它。
來自預處理參考的文件可能會變得很大。當您不再使用某個數據時，只需使用外部數據瀏覽器一鍵刪除即可。您將節省磁盤空間，并且如果您需要再次索引相同的參考序列，sequencher可以輕松地重新創建它。
bwa
bwa在5.2版本中加入了sequencher插件系列。sequencher使用bwa-mem，這是bwa軟件包中新、快的算法。bwa-mem旨在將70bp到1mbp的序列讀數與參考比對。
bwa被編寫為在指令行上運行。sequencher為您提供了一個易于使用的界面，使您*使用指令行，也*學習或使用指令行參數。對于想要訪問這些指令行功能的高等用戶來說，“高等（編輯）”對話框也可以讓您利用這些功能。
gsnap
gsnap在5.0版中加入了sequencher插件系列。gsnap通過壓縮參考序列，使用基于參考的對齊方法。這使得gsnap在執行下一代測序時變得快、容易。
gsnap旨在對雙端和不雙端的illumina-solexa或sanger標準數據執行基于參考的比對。序列的長度對于gsnap來說不是問題，因為它能夠輕松對齊很短到任意長的數據長度。
gsnap現在可以處理multiplex id (mid) 數據，從而進一步很大限度地提高效率。現在您擁有了sequencher的用戶友好界面，它允許您通過mid數據利用 gsnap 的功能。sequencher自動將數據按條形碼劃分為單獨的文件，使用gsnap將這些文件與參考對齊，并將結果放入單獨的結果文件夾中。
任意與gsnap對齊的結果都可以在流行的平板電腦瀏覽器中查看。
對于想要好地控制gsnap指令行功能的高等用戶，請按“高等（編輯）”打開“高等gsnap 選項”對話框，您可以在其中配置特定的指令行參數。
maq
maq在5.0版本中加入了sequencher插件系列。流行的maq算法將單端和雙端下一代數據與參考序列對齊。開始設計用于對齊 illumina-solexa 數據，它將對齊任意很短的讀取數據（63個堿基或少）。參考序列可以是fasta或genbank文件的形式。maq使用二進制格式來壓縮引用并讀取文件。關鍵的是，maq運行所需的ram很少，這使得執行下一代測序變得加容易。它也適用于大約200萬次讀取的小型項目，盡管可以將較大的項目分解然后稍后合并結果。
比對結果可以在maqview或tablet中查看。
maq開始是為了在指令行上運行而編寫的。sequencher 提供了一個簡單、易于使用的界面，可以保護您免受指令行的影響，也不必學習如何使用指令行參數。
使用samtools進行變體調用
您已經對它進行了測序，現在您已經對其進行了對齊。接下來使用新的變體調用功能檢查變體的比對。無論您是使用我們的參考引導比對器之一比對讀數，還是在其他地方獲取比對的sam/bam文件，您仍然可以使用samtools的變體調用來檢查變體。
該分析可以在snp耐受比對、甲基化耐受比對或gsnap中新的rna a-to-i編輯耐受模式之后使用。然后將生成的vcf文件和 sam文件加載到您喜歡的瀏覽器中（如果您沒有試用平板電腦）——它是我們dna-seq工具發行版的一部分。向平板電腦提供gtf文件進行注釋，您還可以看到功能中的變體。
multiplex id
sequencher 5.2及高版本使用bwa、gsnap或velvet的從頭或基于參考的組裝的復用方法。多路復用既快速又簡單。每個 dna樣本都有一個與其相關的特定條形碼。sequencher可以讀取這些條形碼并將數據劃分到各種文件或“容器”中。然后，sequencher獲取每個“bin”中的序列并為您執行組裝或比對。sequencher的multiplex id可與單端或雙端數據一起使用。對于成對末端數據，成對中的每個讀取都必須在 5' 端具有相同的條形碼才能被識別為成對。您可以使用平板電腦查看器查看多重組裝或比對的結果。
snp分析
在尋找候選snp時，篩選下一代測序產生的數百萬條讀數是一項重大挑戰。maq和gsnap算法都包含snp篩選功能。
maq有一個兩級篩選過程，首先搜索讀數和參考序列之間的差異。接下來，進行過濾步驟，篩選初始結果，尋找每列讀數的同一類別的小數量的變體，以及嵌入高質量區域的變體。結果以綜合報告形式呈現。您還可以在maqview或平板電腦中查看結果。
通過gsnap，snp分析采用不同的方法來查看先前報告的snp以及新的候選者。用戶必須提供已知snp的列表以及讀數和參考序列。gsnap對所有主要和次要等位基因執行snp耐受比對。該算法能夠區分次要等位基因和不匹配。結果以綜合報告形式呈現。您還可以在平板電腦中查看結果。
methylation studies
幾十年來，dna甲基化一直被認為在基因表達中發揮著重要作用。當dna用亞硫酸氫鹽處理時，任意胞嘧啶都會轉化為尿嘧啶，除非胞嘧啶已被甲基化。gsnap將從亞硫酸氫鹽處理的dna測序中獲取的下一代測序讀數與參考序列進行比對，其比對方式不會掩蓋真正的錯配，但仍會暴露用亞硫酸氫鹽處理未甲基化dna時發生的c到t錯配。
rna耐受比對
gsnap已新，現在包含a到g的容忍對齊模式。如果您的mrna可能已被adar基因編輯，導致腺苷轉化為肌苷，請使用此模式。測序時i被視為g。
該版本還引入了鏈鏈和非鏈模式，用于新的rna耐受模式和甲基化分析。當您的實驗室方案允許 5' 到3' 基因組讀取及其每條鏈上的反向互補時，請使用非鏈模式。
viewers
tablet是用于下一代序列比對的高性能查看器。在多種不同模式下查看和檢查您的maq、gsnap、bwa-mem或velvet結果，以不同顏色**顯示堿基并讀取方向。獲取有關單個讀數和讀數對的信息，并安排讀數的堆疊以揭示配對。平板電腦具有用于啟用翻譯、放大和縮小以及**顯示變體堿基的控件，使您可以輕松探索閱讀內容。
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